La resistencia a los fármacos antiparasitarios está descrita en la práctica totalidad de parásitos. Actualmente no se cuenta con amplios conocimientos sobre la biología y la farmacología de dicha resistencia en las diferentes especies de parásitos, ni con métodos para su identificación rutinaria temprana, lo que dificulta la capacidad para rastrear los genotipos y tomar las medidas oportunas para hacerles frente. La aparición de resistencia a los compuestos más recientes inspiraría nuevos esfuerzos para encontrar nuevos compuestos con perfiles similares, pero a la vez impulsa a hacer uso de métodos de control alternativos (control biológico, vacunas, etc.)